کافئین باعث افزایش ترشح اسید معده می شود و ممکن است باعث تشدید زخم معده شود. کافئین ممکن است در افراد مبتلا به سندروم روده تحریک پذیر اسهال ایجاد کند.
کافئین باعث تحریک سیستم عصبی می شود و اوردوز آن ممکن است تشنج ایجاد کند.
عوارض احتمالی کافئین سردرد، بی خوابی، لرزش عضلات، حالات عصبی و هیجانی، تهوع، درد معده، اسهال، پر ادراری می باشد.
مصرف دائم کافئین به مقدار زیاد وابستگی ایجاد می کند و 12 تا 24 ساعت بعد از قطع مصرف عوارضی مثل سردرد، خستگی، اضطراب، افسردگی و بی خوابی ایجاد می کند. (تا حدود یک هفته)
مصرف در بارداری احتمال تولد نوزاد با وزن پایین یا نارس، سقط جنین را بالا می برد.
مصرف همزمان با داروهای ضد بارداری، آلوپورینول، سایمتیدین فلوروکینولونها، فنی توئین، کلوزاپین، آسپرین، لیتیوم و تئوفیلین باید با احتیاط مصرف شود.
افرادی که کمبود کلسیم دارند بخصوص زنان مسن باعث تضعیف استخوانها می شود.
مصرف برای افراد زیر 12 سال ممنوع می باشد.